بعد سنة من بداية نشاط التعدين الاهلي في موريتانيا ارتأت مجموعة من الفاعلين فيه ضرورة تنظيمه، وذلك ما نتج عنه انعقاد عدة اجتماعات انبثقت عنهم الاتحادية تحت اسمها الاول اتحادية معالجة مخلفات التعدين الاهلي، وقد تم الاعلان عنها خلال اجتماع الجمعية العامة الـتأسيسية بتاريخ 3 يناير 2021.

في 16 فبراير 2023، تم الاتفاق على انضمام الاتحادية إلى الاتحاد الوطني لأرباب العمل الموريتانيين (UNPM)، مما يسمح لها بتعزيز حضورها المؤسسي ومكانتها داخل المنظومة الاقتصادية الوطنية.

وفي 16 مايو 2023، في مباني اتحاد ارباب العمل الموريتانيين وبحضور وزير التجارة والصناعة، ورئيس الاتحاد الوطني لأرباب العمل، والمدير العام للوكالة الوطنية معادن موريتانيا، انتخبت الجمعية العامة التأسيسية المكتب التنفيذي للاتحادية، وكذلك المجلس الأعلى للاتحادية.